巴西外交部在致国会的函件中警告，美国将“首都第一司令部”和“红色司令部”列为外国恐怖组织，可能被用作对巴西使用武力的依据。外长维埃拉指出，该分类可被援引为针对巴西机构采取域外行动，并危及金融、移民和刑事领域。美方于5月底至6月初先后认定上述组织为恐怖组织，巴方称未收到正式事先通知。

巴西政府反对此举，认为其无助于打击犯罪，反将“军事化”相关议程，混淆普通犯罪与恐怖主义。总统卢拉批评特朗普政府无权威胁他国。但右翼反对派欢迎美方决定，参议员弗拉维奥·博索纳罗曾赴美推动此事。众议员梅洛批评外交部回复“充满漏洞”，未提供具体外交行动或技术评估。

美方认定已引发后果：财政部随后制裁两名巴西公民及三家企业，指控其洗钱。巴西担忧美方依据宽泛的反恐法律实施更多单边制裁甚至军事行动。这一模式在拉美已有先例，特朗普政府此前将墨西哥、委内瑞拉犯罪集团列为恐怖分子并发动打击。同时，美巴贸易摩擦升温，美国须在7月15日前决定是否对巴西产品加征25%关税。

此争端凸显美国以反恐之名扩展域外行动的趋势，在拉美及全球南方引发主权忧虑。巴西10月大选临近，该议题成为左右阵营角力焦点。国会要求政府拿出明确应对方案，而关税决定期限将至，双边关系面临多重压力。观察人士指出，此类单边安全举措或促使更多国家寻求更具多边制衡的合作框架。